実は税理士単体で助成金の申請をする事はできません。
なぜなら助成金申請は社会保険労務士の有償独占業務として、社会保険労務士法で定められているからです。

「それじゃあ社会保険労務士に依頼するべきじゃないのか？」

と思われるかもしれませんが、それは早計です。
社会保険労務士はクライアント企業の外から、アドバイスや各種手続きを行うので社内には詳しくありません。
その為、有償独占業務として助成金申請をするには、クライアント企業から各種情報を入手する必要があります。しかし企業自身に知識が無ければ、そもそも申請できません。
その反面、税理士は法人会計に深く携わっており、社内の状況に精通しています。社内に精通しているという事は、受給できる助成金がわかります。
つまり税理士は助成金の申請はできませんが、受給できる助成金については把握しています。
それにより以下の活用方法で、効率的な助成金申請が可能です。

【活用方法】
税理士による企業へのアドバイス
↓
アドバイスを受けた企業経営者が、社会保険労務士へ助成金申請を依頼
↓
依頼を受けた社会保険労務士が有償独占業務として助成金を申請

※補足
有償独占業務はあくまで他人から報酬を受けるのであれば、有資格者でなければならないという決まりです。その為、税理士が無償で申請を行為は適法です。

助成金申請は「社内に精通した税理士」と「有償独占業務を行える社会保険労務士」、計2士業を総合的に活用すれば、企業経営者自らが労力を割く必要はなくなります。
また「税理士法人に社会保険労務士が在籍している」、「社会保険労務士法人に税理士が在籍している」など、ノンストップサービスを提供している法人の活用も効果的といえるでしょう。